ImageJ是一款功能强大的图像处理软件，广泛应用于科研领域。本文将围绕ImageJ的下载，详细介绍其功能、特色、同类软件对比、使用说明、安装步骤以及相关应用。
一、软件功能
基本图像处理功能
可以进行图像的缩放、旋转、扭曲、模糊等操作。
能够改变图像类型，如将图像转化成8
bit的灰度图等。
可进行色彩平衡等色彩调整。
图像分析功能
能够计算选定区域内分析对象的一系列几何特征，包括长度、角度、周长、面积、长轴、短轴等。
可以方便地记录图片上的粒子个数，如细胞、病斑、孢子等。
能够进行条带灰度值分析（DNA或Western Blot条带）。
二、软件特色
免费开源：ImageJ是完全免费的，并且是开源软件，用户可以根据需要下载和安装各种插件来增强软件的功能。
跨平台：可以在任何Java支持的操作系统上运行，包括Windows、Mac OS和Linux。
支持多种图像格式：能够显示、编辑、分析、处理、保存、打印8位、16位和32位的图片，支持TIFF、JPEG、BMP、DICOM和FITS等多种格式。
支持图像栈功能：即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像，并行处理。只要内存允许，ImageJ能打开任意多的图像进行处理。
开放结构：支持用户自定义插件和宏，自带编辑器，并且导入了java的编译器，实现了简单的IDE功能，用户可直接基于ImageJ进行图像处理。
三、同类软件对比
| 软件名称 | 主要特点 | 适用场景 |
| | | |
| ImageJ | 免费，功能强大，插件丰富，跨平台，支持多种图像格式 | 科研领域，尤其是生物医学、材料科学、天文学等领域的图像分析 |
| Fiji | 预装了很多生物医学分析常用插件的ImageJ版本，安装包略大，打开速度略慢 | 生命科学领域的研究人员，需要较多插件支持的场景 |
| Image pro plus | 功能全面，操作相对复杂，商业软件 | 对图像处理功能要求较高，且有一定经费支持的科研或商业应用场景 |
| OpenCV | 开源的跨平台计算机视觉库，提供丰富的图像处理和计算机视觉算法，性能较高 | 计算机视觉相关的应用场景，如物体识别、人脸识别、目标跟踪等 |
| JAI | Java高级图像处理工具包，提供丰富的图像处理和图形操作功能 | Java环境下的图像处理场景 |
四、软件使用说明
菜单栏功能
File（文件）：包括打开、保存、导入、导出、打印等文件操作。
Edit（编辑）：提供撤销、重做、剪切、复制、粘贴等编辑功能。
Image（图像）：包含调整图像大小、类型转换、裁剪、旋转等图像操作。
Process（图像处理）：包括点操作、过滤器和算术运算等。
Analyze（图像分析）：统计测量、直方图绘制和其他与图像分析有关的操作。
Plugins（插件）：创建、编辑和管理插件，列出了用户安装的所有宏、脚本和插件。
Window（窗口）：已打开的窗口的选择和管理。
Help（帮助）：升级，文档资源和版本信息。
基本操作流程示例（以测量为例）
加载图像：启动ImageJ程序，从File菜单选择Open Samples，选择要分析的图像打开。
设置比例尺（如果需要）：将图片适当放大，使用直线工具沿着图片中的直尺刻度绘制一条直线，作为标尺参考线。转到Analyze菜单，选择Set Scale...，在弹出的窗口中输入相关参数（如Distance in Pixels、Known distance、Global、Pixel aspect ratio、Unit of length等），点击OK确认设置。
测量长度或面积
测量长度：选择直线工具，在要测量的目标（如主叶脉）上画一条直线，然后点击Analyze
Measure进行测量。
测量面积：测量面积的操作类似，主要差异在测量目标的选中上，大致有两种选中方法：用多边形工具手动框选测量区域；用魔棒工具抠图选中测量区域（推荐）。选中魔棒工具，在目标区域（如叶子的绿色部分）点击一下选中，然后双击魔棒工具，调节阀值直到选中整个目标区域，点击Analyze
Measure，得到测量结果。
五、安装步骤
Windows系统
1. 访问ImageJ的官方网站：ImageJ官方网站。
2. 在“Download”部分，选择适用于Windows的安装程序。
3. 下载完成后，双击安装程序。
4. 按照安装向导的指示完成安装过程。
5. 安装完成后，你可以从开始菜单中找到并启动ImageJ。
Mac OS系统
1. 访问ImageJ的官方网站。
2. 在“Download”部分，选择适用于Mac OS的安装程序。
3. 下载完成后，打开下载的文件。
4. 将ImageJ拖到应用程序文件夹中。
5. 打开应用程序文件夹，找到并启动ImageJ。
Linux系统
1. 打开终端。
2. 使用wget或curl命令下载ImageJ的JA件，例如：wget
1.53m.jar 或者 curl
O - 1.53m.jar。
3. 确保Java已经安装，可以通过运行java
version来检查。
4. 使用以下命令运行ImageJ：java
jar ij
1.53m.jar。
六、相关应用
生物医学领域
在免疫组织化学/原位杂交中进行目的区域光密度分析。
对共聚焦图像中两种蛋白共定位的程度（相关系数计算）。
免疫荧光图像分析，如计数兴趣区大小、阳性点密度、数量，结构长度分析等。
对高尔基染色的神经元或者共聚焦显微图像中表达EGFP等神经元突起（树突、轴突）长度测量，Sholl分析，突触棘计数。
阳性细胞计数。
在免疫荧光实验中，可进行亮度调节、加标尺等操作。
其他领域
图像处理是科研中必然碰到的一环，从文章中拍摄照片的处理，到电镜中晶格的测量，甚至逐帧分析原位视频中数据，都离不开图像处理和信息提取，ImageJ可解决几乎与图像处理相关的所有问题，并且丰富的插件库可以满足对科研图像处理的所有需求，如基本的长度、角度、面积测量，电镜上色，平均荧光强度分析，图像自动配准，图像抖动自动校正，甚至徒手测心率等。
